Aşezământul monahal din cunoscuta staţiune Băile Herculane a apărut la iniţiativa Preasfinţitului Episcop Laurenţiu Streza, episcopul Caransebeşului, care a dorit a pune în valoare Vila Doboşanu, donată în anul 1925 Episcopiei Caransebeşului şi luată abuziv în anul 1948 de regimul comunist. Această clădire este cu etaj şi are peste 40 de camere. În anul 1998 clădirea a fost retrocedată şi s-a hotărât înfiinţarea aici a unui aşezământ social-monahal, pentru a fi folosit ca loc de odihnă şi tratament pentru clericii şi credincioşii cu posibilităţi financiare mai reduse, dar şi ca loc de viaţă duhovnicească.

La reamenajarea clădirii au contribuit oameni de bună credinţă, un rol important la demararea lucrărilor avându-l Centrul Eparhial şi protopopul din Băile Herculane, preot Nicolae Pereş. Lucrările au constat în amenajarea unui paraclis unde să se oficieze zilnic Sfintele Slujbe şi a unor camere pentru oaspeţi. Întreţinerea aşezământului s-a făcut sub îndrumarea monahiei Teodora Jemna, iar mai apoi a Monahiei Marina Câniparu.

Odată cu trecerea anilor aşezământul monahal-social a primit contur, având în componenţă paraclis, trapeză, chilii şi camere de oaspeţi. În anul 2007, la propunerea Preasfinţitului Părinte Lucian, Sinodul Mitropolitan al Mitropoliei Banatul a ridicat aşezământul la rang de mănăstire, împodobindu-se astfel salba de mănăstiri din Episcopia Caransebeşului.

Mănăstirea Băile Herculane cu hramul Naşterea Maicii Domnului, are în prezent 4 vieţuitoare, iar Sfintele slujbe se ţin cu regularitate de către Protosinghelul Emanuel Scarlat, acestuia fiindu-i încredinţată conducerea aşezământului începând cu luna decembrie a anului 2010. Odată cu venirea părintelui Emanuel Scarlat din Arhiepiscopia Clujului, de la mănăstirea „Sf. Proroc Ilie Tezviteanu” - Băişoara, au început activităţi de amenajare a întregului ansamblu, între care amintim prelungirea paraclisului şi redimensionarea Sfântului Altar.

Între lucrările de amenajare s-a aflat şi refacerea Sfintei Mese, sfinţită de Preasfinţitul Părinte Lucian la data de 4 decembrie 2010, ocazie cu care mănăstirea a primit şi al doilea hram: „Sf. M. Mc. Varvara”.