Istoria acestui loc vorbeşte că în secolul al XVII-lea, un credincios din zona Almăjului a intrat în cinul monahal al Mănăstirii Putna (Moldova), ctitoria Sf. Voievod Ştefan cel Mare. După un timp petrecut în acest lăcaş a plecat în Grecia, pe Sf. Munte Athos, unde s-a nevoit timp de 18 ani, luând schima mare. Spre sfârşitul vieţii acest cuvios părinte, pe nume Pahomie, a primit poruncă de la Maica Domnului, care i s-a arătat printr-o vedenie, de a veni în sprijinul Bisericii şi a credincioşilor aflaţi pe meleagurile sale natale (Biserica Ortodoxă era prigonită de stăpânirea străină). În arhiva Mănăstirii Frăsinei, judeţul Vâlcea, într-un Liturghier cu slove chirilice, este menţionat faptul că părintele Pahomie, însoţit de şapte ucenici, a slujit Sfânta şi Dumnezeiasca Liturghie şi a vieţuit în peşterile din hotarul satului Putna, locul fiind marcat şi astăzi printr-un paraclis. Prin puterea rugăciunii şi ajutor de la Dumnezeu, cuviosul părinte Pahomie a săvârşit minuni. Printre acestea se aminteşte una în care a vindecat două surori mute ale unui boier din zonă.

Drept mulţumire, acesta i-a construit o casă unde se întălnea cu credincioşii pentru a-i spovedi şi a le acorda asistenţă duhovnicească. Construcţia acestei case a constituit nucleul care a dat naştere mai târziu bisericii şi satului Putna. Aşa a venit iniţiativa de a ridica un aşezământ monahal la marginea satului Putna, de pe Valea Almăjului. Această iniţiativă aparţine domnului plutonier adjutant Luca Zăvoianu, fiu al satului, care a donat terenul necesar. Piatra de temelie a mănăstirii a fost pusă de Preasfinţitul Dr. Laurenţiu Streza, Episcopul Caransebeşului, actualmente Mitropolitul Ardealului, în 6 august 1996. Mănăstirea a primit donaţie din partea profesorului Pavel Panduru, directorul şcolii din Prigor, 200 de m2 de grădină. Pe acest teren se află un izvor la care se face procesiune în fiecare an la sărbătoarea „Izvorul Tămăduirii” (prima vineri după Sf. Paşti).

În toamna anului 1996 a început construcţia mănăstirii şi fost turnată temelia unei clădiri care cuprinde 19 chilii, paraclisul, trapeza şi bucătăria. Lucrările s-au făcut cu ajutorul financiar şi material al credincioşilor, fiind coordonate de domnul Luca Zăvoianu din Putna şi domnul proiectant Popovici Ioan, din părţile Almăjului (stabilit în Caransebeş), fără nici o pretenţie bănească.

Viaţa călugărească propriu-zisă a început în luna martie a anului 1997, când ieromonahul Sava Gana, numit mai târziu stareţ, împreună cu alţi călugări, au administrat schitul. Prin osteneala lor şi contribuţia oamenilor de bună credinţă s-a realizat construcţia unui paraclis de vară, a corpului de chilii, a paraclisului de iarnă şi a unui sector agro-zootehnic, pe un teren aflat în apropierea schitului. În anul 1999 Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a ridicat schitul la rang de mănăstire cu hramul „Schimbarea la faţă a Mântuitorului Iisus Hristos”.

În martie 1997 au fost 4 vieţuitori, apoi în anii 1999-2000 au ajuns la un număr de 12 vieţuitori, în prezent rămânând doar 4 vieţuitori. Stareţul mănăstirii este protosinghelul Andrei Radu.